Esta basílica funerária situava-se junto da via romana que ligava Mértola a Beja. Este importante monumento foi parcialmente escavado nos finais do séc. XIX e dele retiradas algumas inscrições funerárias hoje recolhidas no Museu Nacional de Arqueologia em Lisboa. Atualmente funciona um museu onde se conservam as fundações e os pavimentos da antiga igreja. Neste núcleo museológico podem ser observadas estelas epigrafadas que constituem o mais importante conjunto de lápides funerárias de época paleocristã encontrado em Portugal.

Os canais foram usados, no Guadiana, para capturar peixe. No concelho de Mértola existem as últimas armadilhas deste tipo, que saíram de uso, onde se desviam os peixes para locais onde era mais fácil pescá-los.

É provável que a Torre do Relógio tenha sido erguida em finais do século XVI ou inícios do Século XVII, no contexto da reorganização da zona urbana da Praça do Município. Esta edificação foi erguida na proximidade de um conjunto de construções representativas do poder político, administrativo, judicial e económico e reaproveitando um antigo torreão da muralha, passou a marcar o limite da Praça do Município e a assumir-se como um dos elementos emblemáticos de Mértola. Em 1896 o relógio primitivo é substituído por outro mais recente que vai continuar a marca o tempo da Vila Velha até aos nossos …

Castelo de arquitetura românica e gótica, com torres quadrangulares. A torre de menagem está sobre a encosta mais alcantilada. Das portas medievais, somente se conserva a da Misericórdia, sobre o rio Guadiana. A antiga alcáçova, assim como troços importantes da muralha que envolvia a população, ainda se mantêm conservados. Trabalhos arqueológicos realizados na alcáçova do castelo puseram a descoberto um bairro mouro dos séculos XII/XIII, e várias estruturas romanas do século IV. As peças cerâmicas árabes encontradas estão expostas no núcleo do museu de Mértola.

A Casa Romana foi o primeiro núcleo museológico do Museu de Mértola a ser inaugurado em 1989. Situa-se na cave do edifício dos Paços do Concelho. Durante obras de reabilitação surgiram importantes vestígios arqueológicos correspondentes às fundações de uma casa romana (hoje é o núcleo-sede). Além das paredes do antigo edifício, onde se destaca parte do impluvium da casa, são expostos elementos arquitetónicos da época, epigrafia funerária, cerâmica e metais. Cada núcleo tem uma exposição permanente relacionada com a sua temática.

Na vertente norte da encosta do Castelo, o possível fórum da cidade romana cria uma plataforma artificial, suporte do imponente conjunto monumental da cidade de Myrtilis. Toda esta plataforma, encostada à muralha, assentava numa sólida galeria subterrânea com cerca de 30 metros de comprimento e 6 de altura. Na Antiguidade Tardia, séculos V e VI, foram aqui erguidas luxuosas construções religiosas; entre elas, um possível Palácio Episcopal e um batistério, dos quais restam significativos fragmentos de um belo conjunto de mosaicos policromos. Em época islâmica, no decurso dos séculos XII e XIII, toda esta zona é ocupada por um bairro …

Numa área de forte inclinação abaixo do castelo, está localizada a antiga mesquita, adaptada a igreja cristã no século XIII, com fachada manuelina-mudéjar onde se destacam as ameias e coruchéus. É a única que ainda conserva a volumetria e alguns elementos decorativos do templo árabe que a antecedeu, designadamente, a disposição da planta em "T", a presença do "mihrab" e do compartimento do "nimbar" na parede da "quibla" (muro da mesquita), voltada para Meca, a existência de cinco naves da antiga mesquita, a estatuária, portas e restos do mirabe.

O antigo templo da Misericórdia de Mértola alberga o primeiro museu de arte sacra municipal. Este espaço, denominado Porta da Ribeira, dá a conhecer um inédito conjunto de imagens e alfaias litúrgicas de ermidas e capelas de culto popular. Aqui encontram-se reconstituídos os diferentes matizes do relacionamento da humanidade com os diversos referenciais do sagrado, com a exposição de arte sacra dos séculos XIV-XVIII, alfaias litúrgicas, incluindo cálices e cruzes processionais e tábuas pintadas.

O núcleo de Arte Islâmica foi inaugurado em 2001 e corresponde ao culminar de um trabalho de muitos anos não só em intervenções arqueológicas como no tratamento e estudo dos materiais do período islâmico. A coleção referente aos séculos IX-XIII é composta por elementos arquitetónicos, epigrafia funerária, cerâmica, metais (cobre e ligas de cobre, ferro e chumbo), osso trabalhado (onde se destacam artefactos diretamente relacionados como a tecelagem - torres de roca, cossoiros, agulhas) e objetos de vidro.

Núcleo integrado no antigo sistema defensivo da fronteira do Minho. Esta antiga praça de guerra ergue-se na zona ribeirinha do rio Minho e oferece belas panorâmicas sobre o parque de lazer e sobre as termas.