Ubicado en el interior del Castillo, donde se exhiben exposiciones del patrimonio arqueológico del municipio de Alcoutim, con un recorrido histórico que se inició hace más de 5.000 años, abarcando los periodos Neolítico, Calcolítico, Romano, Visigodo e Islámico, relevante en las investigaciones arqueológicas realizadas en las últimas décadas en Alcoutim.

Este museo exhibe la historia del arte sacro de las diversas iglesias del municipio. La colección se compone principalmente de fotografías y paneles.

En este museo que se encuentra expuesta la historia entera del río Guadiana, desde el transporte fluvial de mineral para los distintos tipos de pesca artesanal, a través de las actividades de contrabando que tuvieron lugar durante el Estado Novo. Destacar para la visualización de imágenes en miniatura de José Myrtle titulado "Barcos Tradicionales del Bajo Guadiana".

En este núcleo se puede admirar un aula de años 50\/60, con todos los elementos y materiales utilizados en la época, desde los escritorios de madera de viejos libros de texto, Foto de la pizarra y mapas, entre otros.